Bioimage Data Analysis Workflows Advanced Components And Methods
DOWNLOAD
Download Bioimage Data Analysis Workflows Advanced Components And Methods PDF/ePub or read online books in Mobi eBooks. Click Download or Read Online button to get Bioimage Data Analysis Workflows Advanced Components And Methods book now. This website allows unlimited access to, at the time of writing, more than 1.5 million titles, including hundreds of thousands of titles in various foreign languages. If the content not found or just blank you must refresh this page
Bioimage Data Analysis Workflows Advanced Components And Methods
DOWNLOAD
Author : Kota Miura
language : en
Publisher: Springer Nature
Release Date : 2022-09-28
Bioimage Data Analysis Workflows Advanced Components And Methods written by Kota Miura and has been published by Springer Nature this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2022-09-28 with Science categories.
This open access textbook aims at providing detailed explanations on how to design and construct image analysis workflows to successfully conduct bioimage analysis. Addressing the main challenges in image data analysis, where acquisition by powerful imaging devices results in very large amounts of collected image data, the book discusses techniques relying on batch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorithms. In addition, downstream data processing techniques are introduced, such as Python libraries for data organization, plotting, and visualizations. Finally, by studying the way individual unique ideas are implemented in the workflows, readers are carefully guided through how the parameters driving biological systems are revealed by analyzing image data. These studies include segmentation of plant tissue epidermis, analysis of the spatial pattern of the eye development in fruit flies, and the analysis of collective cell migration dynamics. The presented content extends the Bioimage Data Analysis Workflows textbook (Miura, Sladoje, 2020), published in this same series, with new contributions and advanced material, while preserving the well-appreciated pedagogical approach adopted and promoted during the training schools for bioimage analysis organized within NEUBIAS – the Network of European Bioimage Analysts. This textbook is intended for advanced students in various fields of the life sciences and biomedicine, as well as staff scientists and faculty members who conduct regular quantitative analyses of microscopy images.
Bioimage Data Analysis Workflows
DOWNLOAD
Author : Kota Miura
language : en
Publisher: Springer Nature
Release Date : 2019-10-17
Bioimage Data Analysis Workflows written by Kota Miura and has been published by Springer Nature this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2019-10-17 with Medical categories.
This Open Access textbook provides students and researchers in the life sciences with essential practical information on how to quantitatively analyze data images. It refrains from focusing on theory, and instead uses practical examples and step-by step protocols to familiarize readers with the most commonly used image processing and analysis platforms such as ImageJ, MatLab and Python. Besides gaining knowhow on algorithm usage, readers will learn how to create an analysis pipeline by scripting language; these skills are important in order to document reproducible image analysis workflows. The textbook is chiefly intended for advanced undergraduates in the life sciences and biomedicine without a theoretical background in data analysis, as well as for postdocs, staff scientists and faculty members who need to perform regular quantitative analyses of microscopy images.
Bioimage Data Analysis Workflows
DOWNLOAD
Author : Natasa Sladoje
language : en
Publisher:
Release Date : 2020-10-08
Bioimage Data Analysis Workflows written by Natasa Sladoje and has been published by this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2020-10-08 with Science categories.
This Open Access textbook provides students and researchers in the life sciences with essential practical information on how to quantitatively analyze data images. It refrains from focusing on theory, and instead uses practical examples and step-by step protocols to familiarize readers with the most commonly used image processing and analysis platforms such as ImageJ, MatLab and Python. Besides gaining knowhow on algorithm usage, readers will learn how to create an analysis pipeline by scripting language; these skills are important in order to document reproducible image analysis workflows. The textbook is chiefly intended for advanced undergraduates in the life sciences and biomedicine without a theoretical background in data analysis, as well as for postdocs, staff scientists and faculty members who need to perform regular quantitative analyses of microscopy images. This work was published by Saint Philip Street Press pursuant to a Creative Commons license permitting commercial use. All rights not granted by the work's license are retained by the author or authors.
Principles Of Light Microscopy From Basic To Advanced
DOWNLOAD
Author : Volodymyr Nechyporuk-Zloy
language : en
Publisher: Springer Nature
Release Date : 2022-11-29
Principles Of Light Microscopy From Basic To Advanced written by Volodymyr Nechyporuk-Zloy and has been published by Springer Nature this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2022-11-29 with Medical categories.
This textbook is an excellent guide to microscopy for students and scientists, who use microscopy as one of their primary research and analysis tool in the laboratory. The book covers key microscopy principles and explains the various techniques such as epifluorescence microscopy, confocal/live cell imaging, SIM/light sheet microscopy, and many more. Easy-to-understand protocols provide helpful guidance for practical implementation in various commercially available imaging systems. The reader is introduced to histology and further be guided through advanced image acquisition, classification and analysis. The book is written by experienced imaging specialists from the UK, other EU countries, the US and Asia, and is based on advanced training courses for master students and PhD students. Readers are not expected to be familiar with imaging and microscopy technologies, but are introduced to the subject step by step. This textbook is indented for biomedical and medical students, as well as scientists and postdocs who want to acquire a thorough knowledge of microscopy, or gain a comprehensive overview of modern microscopy techniques used in various research laboratories and imaging facilities. Chapter 4 is available open access under a Creative Commons Attribution 4.0 International License via link.springer.com.
DOWNLOAD
Author : Йордан Йорданов
language : bg
Publisher: Yordan Yordanov
Release Date : 2024-03-25
written by Йордан Йорданов and has been published by Yordan Yordanov this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2024-03-25 with Science categories.
РЕЦЕНЗИЯ на монографията „Анализ на изображения в експерименталната токсикология“ от гл. ас. Йордан Иванов Йорданов, дф Монографичният труд на гл.ас. доктор Йордан Йорданов на тема „Анализ на изображения в експерименталната токсикология“ се появява в период от развитието на науката и технологиите, в който въпросите за коректната обработка на големи масиви от данни, съдържателната им интерпретация и поставянето на получените знания в служба на научния прогрес и нуждите на обществото, е изключително актуален. Трудът представя темата и структурата на изследването по разбираем и логичен начин като оптимално комбинира теоретични знания и практически наблюдения. Той започва с анализ на специфичните особености, които имат цифровите изображения и по-специално биоизображенията (отнасящи се до биологични обекти). Анализът обосновава нуждата от интелигентен подход в обработката им, за да бъде извлечена най-съдържателната информация. Това въведение естествено довежда до формулиране на целта на монографията, която найобщо би могла да се определи така – да предостави базови теоретични знания и практически умения по приложението на методите за анализ на цифрови изображения в неклиничните токсикологични проучвания. В съответствие с целта следва представяне на теоретичните основи с акцент върху свойствата на цифровите изображения, видовете операции и методите, прилагани при обработката им. Систематичният обзор последователно извежда селекцията на най-значимите публикации по темата с акцент върху анализ на биоизображения в областта на експерименталната токсикология. Представени са и основни подходи при анализ на биоизображения по собствени резултати на автора в панел от различни токсикологични изследвания. Целевата група читатели на монографичния труд са всички изследователи, които се интересуват от обработка на биоизображения. Те могат да бъдат напълно удовлетворени от съдържанието на монографията, тъй като в нея са събрани и обобщени наличните в момента методи, софтуерни продукти със свободен и безплатен достъп, обучителни ресурси и техники, които текущо са разпръснати в различни източници или фрагментирано представени в книги, дисертации, публикации и интернет източници. Считам, че монографията запълва една съществена празнина в нашия научен книжен/електронен пазар и по такъв начин би насърчила употребата на методите за анализ на изображения сред по-широк кръг от изследователи и особено сред онези от тях, които работят в биомедицинската сфера. Следва да се подчертае силно интердисциплинарният характер на труда, който обединява познания в няколко научни области (физика, математика, биология, медицина, информатика и др.). В същото време той се явява своебразен хибрид между базови теоретични познания и ценни практически съвети, което го прави особено полезен за работещите в полето на биологията и медицината и които имат интерес към темата по анализ на изображения. По-долу се спирам по-подробно върху някои от основните точки в изложението на представения монографичен труд. Авторът последователно описва основните стъпки при анализ на изображения (вкл. биоизображения), по-конкретно: генерирането на изображения, предварителната им обработка, същинския анализ, извличането на информация в подходящ формат, интерпретацията на получената информация и формулирането на изводи за релевантните характеристики на обектите в изображението. Всяка от тези стъпки е анализирана като са очертани основните операции и алгоритми за съответната стъпка. Усвоени в дълбочина и описани са голям брой софтуерни разработки за анализ на изображения, които са критично анализирани от гл. т. на тяхната приложимост при обработка на биоизображения. За да постигне това, авторът е изследвал използването им и по такъв начин е придобил ценен практически опит, който обаче не би бил постижим без разбирането на същностните алгоритми и процеси, които са имплементирани в съответните софтуерни продукти и които той адресира в изложението си. Отделено е специално внимание и на много актуалния напоследък „изкуствен интелект“ (artificial intelligence, AI), проследявайки неговите възможности и ограничения в специфичната за анализ на изображения област. Представени са дълбоките невронни мрежи като инструмент на AI и един от найуспешните методи за обработка на големи масиви от данни, характерни за биоизображенията. Прави впечатление критичният поглед на автора по отношение на обучителните методи и невъзможността им да прогнозират/ класифицират обекти, ако те не са били представени в обучителната група данни на модела, както и трудностите в интерпретацията на изходните резултати, поради липсата на наблюдение върху процеса на обучение. За яснота, той „екстраполира“ тезипроблеми върху биологични обекти, с което адаптира изложението към изследваната тема. Особено ценна част в монографията е систематичният обзор, който насочва описаните преди него теоретични методологични основи към придобиването на обективна представа за приложенията на методите за анализ на биоизображения в експерименталните токсикологични изследвания. Последните се отнасят до тясната експертиза на автора и са крайната му цел в обработката и анализа на биоизображения. В обзора той се базира на обективна, научно проверена информация, достъпна чрез Core Collection на библиографската информационна система Web of Science (WoS). Авторът се възползва от възможностите, които дава WoS, за да реализира няколко нива на селекция на публикациите, позволяващи му да извлече най-съотносимата към интересуващия го обект научна библиография. Забележителна е селекцията, която тръгва от почти 2 млн. заглавия и се свежда след серията от филтри до около 700 и след допълнителен анализ до около 80 най-значими публикации по експериментална токсикология, интегрираща анализи на изображения. Извършен е задълбочен анализ на тези публикации по отношение на обектите и методите на изследване на токсичност и са очертани тези от тях, които определят найсъвременните тенденции в полето. Проведена е класификация по няколко критерия като вид изследвани вещества, токсикологични дисциплини, експериментална моделна система, вид биомаркер, техника за заснемане и др. Като цяло систематичният обзор е едно оригинално конструирано и аналитично изследване, което заслужава да бъде публикувано като самостоятелна статия, за да стане достояние на по-широка читателска аудитория. В монографията е включена и глава, насочваща към собствените изследвания на автора, свързана с разработването на подходи за анализ на биоизображения. Изложението е логично конструирано като започва от подбора на подходящ софтуер, анализиран от гл. т. на неговата достъпност, функционална структура, адекватност за изследвания обект, наличен интерфейс, програмни езици и библиотеки, управление на инфраструктура и др. Самостоятелно е разгледан софтуер за дълбоко обучение в съответствие с най-съвременните тенденции на използване на AI. Списъкът от анализирани софтуери е наистина внушителен и разкрива задълбоченото изучаване от автора на техните качества и ограничения. Цитирани са добри практики и е направен анализ на често срещани грешки, очертани са основните тенденции и перспективи в развитието на специализиран за обработка на изображения софтуер, препоръки за избора му, както и възможността за използване на AI-базирани текстови редактори (чатботове) за избор на най-подходящ софтуер. В същия раздел е представена батерия от методи за анализ на изображения в експерименталната токсикология като собствени разработки на автора по отношение на: (а) определяне на конфлуентност на монослой в двумерни клетъчни култури, (б) идентифициране на окръглени клетки с апоптотична морфология, (в) тест за миграция чрез надраскване на монослой, (г) кометен тест, (д) анализ на интензитет и тъканно разпределение на имунохистохимични маркери; (е) анализ на навлизането на флуоресцентни молекули в резистентни туморни клетки. Всичките шест разработки са в различни апликации на анализ и обработка на биоизображения. Те илюстрират как разработените подходи, базирани на изложените в монографията теоретични основи и добри практики, разкриват възможност за извличане на полезна и съдържателна информация от изследваните биоизображения. Част от тези изследвания са публикувани, за други това предстои. Достойнство на труда е наличието на възможност за свободен достъп на описаните изследвания чрез QR код доподдържана от автора репозитория, създадена на GitHub.com. Монографията е написана на ясен, професионално издържан език и обхваща най-съвременните публикации в областта. Обемът й е 264 страници и включва 50 фигури, 5 таблици и 405 литературни източника. В заключение, оценявам високо цялостната научна и практическа стойност на монографията и считам, че тя представлява принос към българската научна школа в областта, а авторът й оценявам като пионер сред анализаторите на биоизображения у нас. В раздела на систематичния обзор, касаещ географското разпределение на публикациите по темата на анализ на изображения с токсикологична тематика, прави впечатление отсъствието на страната ни от списъка на страните с обща публикационна активност. Вярвам, че настоящата монография ще стимулира работещите у нас в областта на експерименталната токсикология, интегрираща методи за анализ на изображения, и ще доведе до появата и трайното присъствие на страната ни на световната карта на изследователите в тази област. Чл.-кор. проф. Илза Константинова Пъжева, дбн
Methods And Tools For Bioimage Analysis
DOWNLOAD
Author : Florian Levet
language : en
Publisher: Frontiers Media SA
Release Date : 2022-06-23
Methods And Tools For Bioimage Analysis written by Florian Levet and has been published by Frontiers Media SA this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2022-06-23 with Science categories.
Comprehensive Medicinal Chemistry Iii
DOWNLOAD
Author :
language : en
Publisher: Elsevier
Release Date : 2017-06-03
Comprehensive Medicinal Chemistry Iii written by and has been published by Elsevier this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2017-06-03 with Technology & Engineering categories.
Comprehensive Medicinal Chemistry III, Eight Volume Set provides a contemporary and forward-looking critical analysis and summary of recent developments, emerging trends, and recently identified new areas where medicinal chemistry is having an impact. The discipline of medicinal chemistry continues to evolve as it adapts to new opportunities and strives to solve new challenges. These include drug targeting, biomolecular therapeutics, development of chemical biology tools, data collection and analysis, in silico models as predictors for biological properties, identification and validation of new targets, approaches to quantify target engagement, new methods for synthesis of drug candidates such as green chemistry, development of novel scaffolds for drug discovery, and the role of regulatory agencies in drug discovery. Reviews the strategies, technologies, principles, and applications of modern medicinal chemistry Provides a global and current perspective of today's drug discovery process and discusses the major therapeutic classes and targets Includes a unique collection of case studies and personal assays reviewing the discovery and development of key drugs
Standard And Super Resolution Bioimaging Data Analysis
DOWNLOAD
Author : Ann Wheeler
language : en
Publisher: John Wiley & Sons
Release Date : 2017-12-26
Standard And Super Resolution Bioimaging Data Analysis written by Ann Wheeler and has been published by John Wiley & Sons this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2017-12-26 with Science categories.
A comprehensive guide to the art and science of bioimaging data acquisition, processing and analysis Standard and Super-Resolution Bioimaging Data Analysis gets newcomers to bioimage data analysis quickly up to speed on the mathematics, statistics, computing hardware and acquisition technologies required to correctly process and document data. The past quarter century has seen remarkable progress in the field of light microscopy for biomedical science, with new imaging technologies coming on the market at an almost annual basis. Most of the data generated by these systems is image-based, and there is a significant increase in the content and throughput of these imaging systems. This, in turn, has resulted in a shift in the literature on biomedical research from descriptive to highly-quantitative. Standard and Super-Resolution Bioimaging Data Analysis satisfies the demand among students and research scientists for introductory guides to the tools for parsing and processing image data. Extremely well illustrated and including numerous examples, it clearly and accessibly explains what image data is and how to process and document it, as well as the current resources and standards in the field. A comprehensive guide to the tools for parsing and processing image data and the resources and industry standards for the biological and biomedical sciences Takes a practical approach to image analysis to assist scientists in ensuring scientific data are robust and reliable Covers fundamental principles in such a way as to give beginners a sound scientific base upon which to build Ideally suited for advanced students having only limited knowledge of the mathematics, statistics and computing required for image data analysis An entry-level text written for students and practitioners in the bioscience community, Standard and Super-Resolution Bioimaging Data Analysis de-mythologises the vast array of image analysis modalities which have come online over the past decade while schooling beginners in bioimaging principles, mathematics, technologies and standards.
Light Sheet Fluorescence Microscopy
DOWNLOAD
Author : Emmanuel G. Reynaud
language : en
Publisher: John Wiley & Sons
Release Date : 2024-02-05
Light Sheet Fluorescence Microscopy written by Emmanuel G. Reynaud and has been published by John Wiley & Sons this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2024-02-05 with Science categories.
Light Sheet Fluorescence Microscopy An indispensable guide to a novel, revolutionary fluorescence microscopy technique! Light sheet fluorescence microscopy has revolutionized microscopy, since it allows scientists to perform experiments in an entirely different manner and to record data that had not been accessible before. With contributions from noted experts in the fields of physics, biology, and computer science, Light Sheet Fluorescence Microscopy is a unique guide that offers a practical approach to the subject, including information on the basics of light sheet fluorescence microscopy, instrumentation, applications, sample preparation, and data analysis. Comprehensive in scope, the book is filled with the cutting-edge methods as well as valuable insider tips. Grounded in real-world applications, the book includes chapters from major manufacturers that explores their recent systems and developments. In addition, the book hightlights a discussion of a “do-it-yourself” light sheet microscope, making the technique affordable for every laboratory. This important textbook: Serves as an easy-to-understand introduction to light sheet-based fluorescence Includes numerous tips and tricks for advanced practitioners Provides in-depth information on hardware and software solutions for a straightforward implementation of light sheet fluorescence microscopy in the lab Includes chapters from the major manufacturers including Zeiss, Leica, Lavision Biotech, Phase View, and Asi Aimed at cell biologists, biophysicists, developmental biologists, and neuro-biologists, Light Sheet Fluorescence Microscopy offers a comprehensive overview of the most recent applications of this microscopy technique.
Artificial Intelligence In Medical Imaging
DOWNLOAD
Author : Erik R. Ranschaert
language : en
Publisher: Springer
Release Date : 2019-01-29
Artificial Intelligence In Medical Imaging written by Erik R. Ranschaert and has been published by Springer this book supported file pdf, txt, epub, kindle and other format this book has been release on 2019-01-29 with Medical categories.
This book provides a thorough overview of the ongoing evolution in the application of artificial intelligence (AI) within healthcare and radiology, enabling readers to gain a deeper insight into the technological background of AI and the impacts of new and emerging technologies on medical imaging. After an introduction on game changers in radiology, such as deep learning technology, the technological evolution of AI in computing science and medical image computing is described, with explanation of basic principles and the types and subtypes of AI. Subsequent sections address the use of imaging biomarkers, the development and validation of AI applications, and various aspects and issues relating to the growing role of big data in radiology. Diverse real-life clinical applications of AI are then outlined for different body parts, demonstrating their ability to add value to daily radiology practices. The concluding section focuses on the impact of AI on radiology and the implicationsfor radiologists, for example with respect to training. Written by radiologists and IT professionals, the book will be of high value for radiologists, medical/clinical physicists, IT specialists, and imaging informatics professionals.